La SD Ponferradina incorpora a su plantilla a Juan Hernández, atacante procede del AD Alcorcón. En la presentación, tanto el presidente blanquiazul, José Fernández Nieto, como el propio jugador desvelaron que ya hubo contactos el pasado verano, pero entonces no se dieron las circunstancias para cerrar el fichaje.

El nuevo futbolista blanquiazul se formó en la cantera del Granada CF. Su debut en el ámbito profesional se produjo La Hoya Lorca CF. Con el equipo de su localidad natal se estrenó en la campaña 13/14 en la por entonces Segunda División B.

En 2015 se unió al Getafe CF para competir con su equipo filial, también en Segunda B. En ese curso aumentó su protagonismo y participó en 31 partidos, aportando siete goles. Aunque su equipo no pudo mantener la categoría, Juan Hernández continuó compitiendo en la misma división al incorporarse al RC Celta B.

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Con el equipo gallego completó dos excelentes temporadas, en las que disputó la fase de ascenso a LaLiga SmartBank. En su etapa en el filial celeste disputó 71 encuentros y anotó 24 goles. Su buen rendimiento le permitió debutar en la categoría de plata al enrolarse como cedido en el Cádiz CF, pero una lesión limitó su participación.

En la campaña 19/20 tuvo la oportunidad de debutar en Primera División con el RC Celta, con el que disputó cinco partidos de liga y tres de Copa del Rey. En la pasada temporada se participó como cedido al CE Sabadell con el que jugó 33 partidos en Segunda, en los que firmó cinco goles.

Una vez desvinculado del RC Celta, ha jugado el tramo inicial de esta campaña en LaLiga SmartBank en el AD Alcorcón, con el que ha participado en 24 partidos y ha anotado tres tantos.